El monarca otorga fuero a Frías en 1202, pero resulta que los privilegios son mayores para los habitantes de la Muela. Así que, aunque las condiciones para vivir son mejores en la parte baja, las casas más apreciadas son las de arriba, que se van apiñando para aprovechar el escaso espacio disponible. Abajo se instalarán los nuevos habitantes que van llegando a la villa, entre los que hay un considerable número de judíos atraídos por la prosperidad de la población.

Porque Frías crece con rapidez. Cuenta con sólidas murallas, un mercado, un puente muy transitado, la iglesia fortificada de San Vicente, el convento de Vadillo y un flamante castillo que domina el valle y hace de bastión para todo el territorio. Al puente se le añadirá una torre central para el cobro del pontazgo, un tributo que han de pagar quienes lo cruzan y que sirve para sufragar las frecuentes obras de reparación.

Pero con el siglo XV las cosas van a cambiar bruscamente. El rey Juan II otorga a Frías la condición de ciudad y la deja en manos del conde de Haro, que no respeta los privilegios recogidos en el viejo fuero. Asfixiada por los impuestos y los abusos del nuevo señor, la población acaba rebelándose, pero es sometida por la fuerza y no podrá librarse del régimen señorial hasta cientos de años después.