En aquellos tiempos de regeneración se pusieron manos a la obra los autores del conjunto de Santa María, y aunque según los expertos fueron varias las manos que lo crearon, parece probable que una parte se deba al llamado Mestre de Nogueira. A falta de su nombre real, así se conoce a un artista que trabajó en tierras lucenses hacia 1560 y dejó constancia de su destreza en varias de las construcciones de la zona.

Pero como decíamos, los muros interiores de la iglesia de Nogueira acabarían cubiertos de cal, igual que los de gran parte de los templos románicos gallegos. ¿Los motivos? Precauciones higiénicas frente a pestes y epidemias, cambios en los gustos estéticos y el deterioro de las propias pinturas por la humedad y el roce constante. Fuera cual fuera la razón de más peso en este caso, las paredes encaladas contribuyeron a la conservación de lo que se ha llegado a llamar Capilla Sixtina gallega.

Comparaciones aparte, lo cierto es que el conjunto cuenta con un soberbio Juicio Final, una Anunciación y una Resurrección. También están representados la Trinidad, el martirio de San Sebastián y escenas de la vida de Cristo como la oración del huerto, el beso de Judas o la flagelación. Los frescos cubren prácticamente todo el interior de la nave y están concebidos como una obra única, perfectamente adaptada al escenario que la acoge. Según los encargados de la restauración, los pigmentos utilizados son también de una calidad inusual, y seguramente algunos fueron traídos de fuera de Galicia.