El interior de un edificio como este, concebido por maestros del románico, debía estar a la altura de su monumental aspecto externo y de su espectacular Portada de la Majestad. Y lo está, no hay duda. Bajo las bóvedas del templo se guarda un rico patrimonio artístico compuesto de retablos, esculturas de mérito y otras obras notables que dan una idea del peso histórico de Santa María.
En la capilla mayor se encuentra uno de los retablos acompañando a los sepulcros góticos alojados en los muros. Aquí fueron sepultados algunos miembros de la familia Fonseca, un linaje poderoso e influyente durante el Renacimiento que algunos estudiosos ponen en relación con una de las obras más singulares de la colegiata: el cuadro llamado ‘La Virgen de la mosca’.